教育学者の日高真実(ひだか まさね、1864–1894)の旧蔵書1,234点からなる。 日高真実は、1886(明治19)年東京帝国大学文科大学哲学科を卒業。1888年ベルリンに留学し、教育学を学びながら多数の書物を収集した。1892年帰国し、高等師範学校(筑波大学の前身)教授兼東京帝国大学文科大学教授に就任した。著書に『日本教育論』(1891)、『教育に関する考究』(1892)などがある。留学から帰国後わずか2年で亡くなった日高を記念して、義捐金により日高文庫が設立された。この義捐金の拠出者には嘉納治五郎(かのう じごろう、1860–1938)、夏目漱石(なつめ そうせき、1867–1916)、北里柴三郎(きたさと しばさぶろう、1852–1931)ら447名の著名な学者が名を連ねている。『日高文庫設立顛末』と題する冊子が図書館に保管されている。
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