日本の古い医学書を主体として、理学書、オランダ語医書などを含む全3,982点が収蔵されている。主として、①岡山藩医学館、およびこれを引き継いだ岡山県病院、岡山県公立病院、岡山県医学校において購入し、使用された書籍、②倉敷の蘭方医、妹尾又玄(せのお ゆうげん、1829–1896)の旧蔵書、③美濃国(現・岐阜県南部)の蘭方医、田口鳳介(たぐち ほうすけ)の旧蔵書、④岡山県都窪郡久米(現・総社市)の蘭方医、山田成器(やまだ せいき、1831–1912)の旧蔵書、⑤岡山市の医師、赤沢乾一(あかざわ かんいち、1873–1962)の旧蔵書、⑥明治末期及び大正期に当時の教授によって購入あるいは寄贈された医学部眼科教室と小児科教室旧蔵の古医書から構成される。医学史の貴重な資料である。目録として『岡山大学所蔵大原農書文庫・古医書集成目録』(1987)が刊行されている。
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