ドイツの植物生理学者ヴィルヘルム・ペッファー(1845–1920)旧蔵の植物学関係の洋書11,730冊が収蔵されている。 ペッファーは、植物生理学者ユリウス・フォン・ザックス(1832–1897)に師事し、のちライプツィヒ大学教授となった。細胞膜の浸透性に関する研究をはじめ、植物の屈性、走性、運動生理学、酵素化学など広範な領域において業績を残し、現代植物生理学の基礎を築いた。 本文庫は、大原孫三郎(おおはら まごさぶろう、1880–1943)が1921年に購入した。大原は1914(大正3)年に財団法人大原奨農会農業研究所(のち大原農業研究所に改称)を設立し、1921年に農業図書館を設置して、ペッファー文庫を同図書館の所蔵とした。1951年から1952年にかけて同研究所は図書館とともに岡山大学に移管され、同大学附属の資源生物科学研究所の前身となった。目録として『岡山大学農業生物研究所図書館蔵ペッファー文庫文献目録』が作成されている。
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