元・九州大学農学部教授の瀬川宗吉(せがわ そうきち、1904–1959)の旧蔵書で、和書168冊、洋書24冊、別刷類2,124点82冊からなる。藻類学関係の別刷類が多数収蔵されている。東京海洋大学附属図書館所蔵の岡村文庫(岡村金太郎旧蔵書)、ファルケンベルク文庫に収蔵されている文献以後の資料が主である。 瀬川宗吉は盛岡に生まれ、1934年北海道帝国大学理学部植物学科を卒業後、伊豆下田の三井海洋科学研究所に赴任した。1941年に九州帝国大学農学部水産学科に奉職。著書に『原色日本海藻図鑑』(1956)などがある。なお、岡村金太郎(1867–1935)は岳父にあたる。 旧蔵書のうち書籍は閲覧室に配架し、別刷類のみ文庫として別置している。目録として『東京水産大学瀬川文庫目録』(1965)が刊行されている。また、本文庫とは別に『原色日本海藻図鑑』に用いられた海藻標本が農学部の海藻標本庫に保存されている。
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