医学者の土肥慶蔵(どひ けいぞう、号:鶚軒 がっけん、1866–1931)の旧蔵書である。和漢の古医学書1,554部4,618冊からなる。 土肥慶蔵は帝国大学医科大学(現・東京大学医学部)を卒業。近代皮膚科学を日本に導入するためヨーロッパに派遣され、ドイツのハイデルベルク大学やオーストリアのウィーン大学に留学。さらに、フランスのパリ大学で泌尿器科学を学んだ。帰国後、1898(明治31)年に東京帝国大学医科大学教授に就任し、皮膚病学黴毒(ばいどく)講座を担当。日本における皮膚科学を確立し、性病学、泌尿器科学の発展に尽くした。日本皮膚学会、日本性病予防協会を設立し、会長に就任。また、医史学にも通じ、『世界黴毒史』(1921)を著した。 文庫の内容は医学・本草に関する和漢古医学書が主であり、吉原や遊女に関する稀書も含まれる。目録が『東京大学総合図書館古医学書目録』(1978)に収録されている。なお、土肥の旧蔵書は東京大学のほか、国立国会図書館に日本人の著作による漢詩文集7,898冊が、東京医科歯科大学に皮膚科、泌尿器科、性病(特に黴毒)に関する洋書(主にドイツ語)1,805冊、和書440冊が、カリフォルニア大学バークレー校東アジア図書館に約28,000冊が収蔵されている。
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