幕末・明治期の史学者・国文学者、菅政友(かん まさとも、1824–1897)旧蔵の史学・国学関係の国書・漢籍・写本等約4,000部10,000冊からなる。 菅政友は水戸で生まれ、水戸藩の彰考館で『大日本史』の編纂に従事した。明治維新後、神官となり、その後、修史館に勤務。のち帝国大学(現・東京大学)で修史事業に携わった。 本文庫は1951年に菅家から譲り受けた。目録として『茨城大学所蔵菅文庫漢籍分類目録』(1974)、『茨城大学附属図書館蔵菅文庫国書目録』(1981)、『茨城大学附属図書館蔵菅文庫(国書)書名索引』(1982)が刊行されている。また、図書館ホームページに目録と一部画像が公開されている。
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